L’església té el seu origen en l’època romànica. En el decurs del segle XIV es va refer l’edifici, aixecant una nova construcció gòtica, consagrada el 1397. El nou espai, a diferència del de Sant Vicenç al castell de Cardona, seria l’església dels mercaders. Més endavant, ja al segle XVI, s’hi va afegir una cripta on es veneren les relíquies dels sants Celdoni i Ermenter.
A l’interior del temple es conserva una talla gòtica d’alabastre, la Mare de Déu del Patrocini, així com importants mostres de la retaulística catalana del segle XV.
Durant la Guerra Civil de 1936-1939, l’església va patir greus desperfectes. El retaule major de Sant Miquel, magnífica peça del barroc, va ser destruït. Era obra d’Andreu Sala, de Linya, qui el construí pels volts de 1707. També desaparegué l’orgue, fet per Pedro Fernández.